及至春末夏初，江水开始将西瀼水口的碛坝卵石湮于水中。
“水八阵”的迭石阵势露出水面的部分愈来愈少，终至仅余顶端，犹如棋盘星点。
武德三年四月，李药师将日常的水战教习，由西瀼水口的“水八阵”移至石马河口的“旱八阵”；而精选的特种部队教习，则留在江水日益漫涨的“水八阵”。
他们的目标，是在一年之后，当江水潦涨汹涌，敌方避之惟恐不及的天候、水相之下，依旧执行任务。
当李孝恭、李药师在山南将《图萧铣十策》逐一实践，稳步进展之时，李世民在河汾已大获全胜，回到长安。
未几，党项进寇松州。
李渊命李世民建置益州大行台，以备党项。
益州就在信州之西，李世民抽空来访，三人再度欢叙。
李孝恭、李药师大赞秦王柏壁之战“静如处子，动如脱兔”，深得《孙子》兵法要义。
李世民则大赞信州组织特种部队、建造特种船舰的计划，当下决定效法。
他亲选千余精锐严加训练，并为之特别设计皁衣玄甲。
每但出师，李世民必也身披玄甲，亲率这支劲旅冲锋，无坚不摧，所向披靡，一时悍名卓着，让敌军闻风丧胆。
此乃后话，且说当时。
李世民虽在河汾大败刘武周、宋金刚，将他二人逼入突厥；洛阳王世充，却趁唐军主力调至北方之时趁机坐大。
他联络突厥以牵制李唐，得处罗可汗赠送良马，夺下李唐数州。
李渊只得诏李世民回到北方，出讨王世充。
这段时日，李药师无论在总管府内与李孝恭研议、在教习场上与张宝相等切磋、或回到家中与出尘相对，正事之余，大家总会关心李世民在北方战场的进展。
惟有陆泽生，他只对李药师交代的任务鞠躬尽瘁，其他一概不闻不问。
这年的下半年，在中原，李世民、王世充只隔一道洛水，相互对峙。
隋代六大粮仓已全为李唐所掌控，洛阳缺粮，李世民麾军进逼。
王郑数名将官降附李唐，其中张公谨后来成为秦府的重要骨干，也曾是李药师的得力部将，更跻身图画凌烟阁的二十四功臣之一。
在边塞，突厥配合王世充寇扰并州，并州总管刘世让将之攘退。
洛阳东北是窦建德领域，李唐、王郑都不希望窦夏支持对方，而窦建德则乐见双方相争。
此时王世充形势日益局促，只得向窦建德求援。
窦建德深知王郑一旦覆灭，窦夏也自难保，于是应允。
李渊将刘世让调至东方战场，由北面进攻窦夏的都城洺州。
时序进入武德四年。
王世充的太子王玄应自武牢关运粮入洛阳，遭唐军截击，兵员粮秣皆为唐军掳获。
李世民遣李世绩夜袭武牢关，擒获多名王郑宗室官员，其中长史戴胄，后来成为贞观名相。
李世民见时机成熟，便向父皇请命，发兵进攻东都。
李渊口喻：“征讨洛阳，是为止息兵燹。攻克之后，其乘舆法物，图籍器械，非私家所能使用之物，都由秦王整理接收。其余子女玉帛，全部分赐将士。”
这等于再度确认当初他父子之间，让李世民“居于洛阳，自陕已东，悉宜主之。
仍令汝建天子旌旗，如梁孝王故事”的默契。
李世民深知东都缺粮，于是深沟高垒，围困王世充。
洛阳粮尽，王世充向突厥求援。
此时处罗可汗已逝，颉利可汗继位，率军进寇汾阴。
李渊三个月前才将刘世让由并州调过来，如今又不得不将他调回去抵御突厥。
刘世让离开之后，窦建德在北面不再受到牵制，当即发兵往西，直指武牢关；同时水陆并进，将粮食运进洛阳。
李世民让屈突通辅佐李元吉围困东都，自己则率玄甲精锐直赴武牢关。
窦建德轻敌，遭李世民击溃擒获。
李世民将窦建德锁入囚车，带到洛阳城下向王世充示威。
王世充原想突围，然却无人追随，只得请降。
此即历史上着名的“一战擒二王”。
唐军取下洛阳，军纪严明，秋毫无犯。
李世民进入宫城，查收隋代图籍制诏，却发现已被王世充销毁。
只得命人封存府库，点收金帛颁赐将士。
又将王郑党中罪行重大之辈，如段达、朱粲、单雄信等，斩于洛水之上。
杜如晦的叔父杜淹也在王郑朝中，他与杜如晦兄弟一向不睦，曾经诬谮杜如晦之兄致死，又囚禁杜如晦之弟杜楚客，几乎将他饿死。
王郑既败，杜淹当诛，杜楚客却涕泣恳求杜如晦相救。
杜如晦不肯。
杜楚客说道：“曩者叔已杀兄，如今兄又杀叔，一门之内，自相残杀而尽，岂不痛哉！”
便欲自刭。
杜如晦无奈，只得向李世民请求，杜淹方得免于一死。
窦建德败后，除刘黑闼、徐圆朗尚据有山东小部地区之外，河洛砥定，中华大地的北半皆入李唐版图。
三年半前二李综论天下，“你我一南一北，戡平大江大河”的豪情壮志，李世民已经大抵完成他的一半工作。
另一半，就得倚靠李药师了。
武德四年七月，太尉、尚书令、秦王李世民在前后鼓吹的壮盛仪仗簇拥之下，率领大军凯旋。
李唐将王世充、窦建德两国俘君，以及所获的隋代乘舆等御用宝器，以雍穆庄严的隆重典礼，献于太庙。
李渊原意是将王世充、窦建德问斩，王世充却说李世民曾经许其不死。
李渊只得赦他极刑，流徙蜀地，后在途中为仇人所杀。
至于窦建德，则被斩于长安。
窦建德是仁义大度的豪杰，王世充则是嫉忌狭猜的奸佞。
此时斩窦建德、流王世充，颇有史家认为，在冤杀刘文静之后，此事可谓初唐第二度“失刑”。
不过对李世民来说，王世充称自己曾经许其不死，李渊便赦他极刑。
这不啻是父皇又一次确认当初的默契，让他“建天子旌旗，如梁孝王故事”。
然而此时的李世民，已经不再仅以“居于洛阳，自陕已东，悉宜主之”为满足了。