安邦彦被擒，安邦彦的主力也被歼灭了，贵州的平叛基本也就算是结束了。
在安邦平的帮助下，贵州叛逆的土司几乎是望风而降，没有进行几场像样的战斗，五行卫就高歌凯进，进入水西，直驱大方。安位及其母奢社辉投降，献出了大方。
按照战前与安邦平的约定，董宣武并没有为难年幼的安位，不过奢社辉是奢崇明的妹妹，有是奢安之乱的罪魁祸首之一，朝廷绝难饶过。董宣武将她与留在大方的一帮安邦彦的亲信及贵阳之战中几名元凶，打入囚车押往京城，交由朝廷处置。
至此，贵州境内的平乱基本结束。剩下的就是安抚百姓，和改土归流之事。
不久，朝廷传来邸报，奢崇明、安彦邦等一干人犯共三十八人，阴谋叛国，被判凌迟处死，奢崇明全族被诛。
安位之母奢社辉也被判斩首，但天子仁慈，特改判奢社辉赐毒酒自尽。
其余人犯或流放，活监禁，各有处理。
安位因为年纪尚幼，朝廷不予追究。改贵州宣慰司为水西宣慰司，仍以安位为宣尉使，但规定其不得干预军民两政，并不承认其土司地位，不允许其世袭。安家的影响范围大为缩小。
安邦平因功被授水西宣慰同知，安意也被授予平南将军，许其组建不超过三千人的地方武装。网两者都不能世袭，安家的大权基本落在了安邦平和安意这两系手中。
平定了川黔之乱，董宣武借着改土归流之机，插手贵州军事、政务、经济等各方面，从各方面展开他的计划。
政治上，所有层参与、资助过叛乱的土司，土司制度一律被取消，一律纳入朝廷的管理范围，实行全面的流官制。
这一政策虽然引起了很多土司、土舍及头人的反对，并且接连发生了几起叛乱事件，但很快就被五行营平灭下去，没有造成什么太大的影响。
董宣武趁机狠狠打击了那些顽固分子，基本肃清了改土归流路上最顽固不化的那部分人。
经济上，董宣武从北京抽调来大量的熟练工人、技师，大量建造工厂。并以工厂为纽带，依靠当地的汉人，拉拢那些开明的土司和原土司，如安邦平、秦良玉等，如让他们加入了以五行卫为首的利益集团，逐步瓦解原有地方土司阶层。
贵州其实并不缺资源，后世在贵州省发现矿产110多种，其中有多种矿产保有储量排在全国前列。
在全国范围内排在第一位的就有汞、重晶石、化肥用砂岩、冶金用砂岩、饰面用辉绿岩、砖瓦用砂岩等。排在第二位的有磷、铝土矿、稀土等；排在第三位的有镁、锰、镓等。
此外，煤、锑、金、硫铁矿等在国内占有重要地位。煤炭储量大，煤种齐全、煤质优良，有“江南煤海”之称。
而且贵州河流数量较多，开发条件优越。
至于生物药材资源，就更不必提了。
贵州最大的问题，就是交通不便，不过这也不是不能解决的，贵州境内的河流众多，完全可以利用水运来发展。比起陆地运输，水运反而有其独到的优势。
所以，董宣武将交通发展的重点，放在了疏通开辟航道上。
无论是疏通还是开辟航道，都需要人力。董宣武没有采用让百姓服劳役这种不受欢迎的方式，而是采用成立航运公司，借鉴后世高速公路发展的成功经验，采取谁开辟谁受益的原则，给予其二十年的专属使用权。别人如果要使用其航道，必须向开辟者缴纳一定的费用，鼓励民间在官府的控制下，自行开辟、疏通航道。
除此以外，董宣武还直接废除了贵州省内的各种徭役，并禁止官府或者地方豪强以任何名义，强行向百姓摊派徭役，规定所有徭役都必须付足工钱。
为了保证这些政策能被顺利执行，董宣武深知官场的清廉非常重要，一举免除、处罚了贵州一百三十六名被证实有贪污、欺压、勾结当地豪强横行不法以及敷衍塞责的官员。并提拔了一大批有干劲的官员，这让贵州的官场为之一清。
但要保证官场的清廉，光靠一阵风的整顿是绝对不行的，那管得了一时管不了一世。
于是董宣武又建立了廉政公署，专门来监督检查各级官员，接受民间的举报。
为了防止，廉政公署腐化，董宣武又加强了军务统计处的职能，把监督廉政公署和各级官员的工作也纳入到其工作范围，与廉政公署一明一暗形成了相互制约的关系。
董宣武甚至借口贵州的特殊性，在水西各县建立起乡老会，规定各县内部发出的政令必须经过乡老会大部分人的同意才可以执行。乡老会是由当地百姓，按照村落推举产生，原则上按照每两千人推举一位德高望重者担当。
对县令、县丞、主薄、典史等官员的职权，董宣武也做了一定的调整。
董宣武希望通过这种方式，试图初步建立起三权分立的体制。即乡老会管立法权和政令的制定，主薄管行政，县丞
官执法权。
以水西为试点，如果效果好，就推广到贵州其他地区，如果不好，及时改正，修改，摸着石头过河，这是董宣武的想法。
另外，董宣武对各地的城隍社鼠、土匪恶霸进行了严厉的打击，并严禁私法。
在贵州境内，董宣武严禁任何不受官府控制的地方组织，对黑涩会组织的打击更是不遗余地。曾经在一天斩首一百五十七名民愤极大的罪大恶极土匪、恶霸的事情。
这极大的震慑了不法分子，贵州的治安为之一靖。
为了保证司法的公正，董宣武在水西地区率先推出了陪审团制度。当然这个陪审团制度虽然借鉴了后世西方的陪审团制度，但恪于当地的情况却与后者有很大的不同。
这个陪审团只有否决权，没有判决决权。也就是县令和县丞审理的案子，其判决必须要经过随机抽取的陪审团三分之二及以上成员同意，才能生效，否则必须重审问。
当然，陪审团的否决必须要有充足的理由。
再次重审，县令、县丞可以解散陪审团，也可以不解散。
每件案子，当地县令、县丞的判决若是被接连否决三次，那么这件案子必须发往州里进行审理。而县令、县丞发往州里的案子数量，直接关系到他们每年一度的考核。
董宣武希望通过这种方式打破在百姓心中官府的权威形象，逐步在百姓心中建立起民主意识。