经过一个来月的紧张谈判。
董宣武代表大明与代表倭国的德川秀忠达成了和平协议。
协议主要包括以下几点：
第一，倭国正式承认大明为其宗主国，接受大明的册封。倭国幕府大将军在接受大明册封后成为倭国的合法国王，拥有合法管理倭家的权力。大明视天皇为倭国本土宗教的最高精神领袖，不针对天皇进行册封。幕府将代表倭国每年遣派使者对大明朝贡一次，朝贡礼品价值不少于白银五十万两。
（这一条是江户幕府后来主动提出的，德川秀忠想要狐假虎威，借此重新树立起德川幕府的权威。反正对大明的朝贡一直都在进行，大明皇帝赏赐的财物往往远多于朝贡礼品的价值。江户幕府正好每年可以捞上一大笔。
他可不知到董宣武一向反对大明朝廷这种打肿脸充胖子的朝贡-赏赐行为，外国的商人常常借着朝贡之名捞取大量的好处，早有心减少国皇帝对藩属国赏赐的数量，确定其赏赐的规范。）
第二，对于江户幕府意图偷袭华夏、主动挑起琉球海战、萨摩之战等一系列事件，倭国德川幕府，正式表示道歉，并由幕府大将军主动向大明天子上请罪折子，并斋戒七七四十九日以表示诚意，江户幕府保证日后不再发生同类事情，并严惩相关的责任人，以警戒后来者。
第三，对此次由于倭国鲁莽行动，所造成大明各方面的损失、耗费，江户幕府深表歉意，江户幕府愿意付出一千万两白银做为犒劳、慰问大明将士之用。
第四，针对琉球问题，倭国德川幕府代表倭国正式表示道歉，并答应严厉惩处当初的责任人，保证此类事件日后不再发生。德川幕府代表倭国承诺，不再干预琉球国的内政。
由此对琉球国带来的损失，倭国愿意赔偿白银五百万两，并尽可能帮助琉球百姓追索回历年被劫掠走的财物。
第四，为了方便大明与倭国日后的商业往来，倭国日后以华夏的货币作为其流通货币。
第五，日后但凡涉及在倭华夏人的纠纷，但为防止对发生对华夏人不公的情况出现，大明官员可在场旁听。如审理及处理过程中出现对华夏人不公的情况，大明官员向相关官署提交异议后，转由专门的官署会同大明官员共同审理。
为此，大明将向江户派驻官员，负责相关事宜。大明官员在倭国期间，倭国必须保证大明官员的人身财产安全。
第六，针对虾夷岛的归属问题，倭国承认虾夷及附属岛屿为大明所有，承认虾夷以及以北的库页岛（包括附属岛屿）等皆为大明领土。但鉴于倭国对开发虾夷付出的巨大的人力物力，大明同意补偿倭国白银二百万两。
第七，对于倭国在战争中被俘人员，大明将予以释放。倭国愿付出一百万两以补偿这段时间大明由于要照顾被俘人员，治疗受伤士兵以及提供伙食、警卫以及军饷等所造成的耗费。
第八，自和议签订之日起，双方都不的对对方发起攻击性行为或不履行和议中的内容，否则可被对方理解成撕毁协议，挑衅性行为，拥有一切报复行动的权力。
协议一式两份，在江户的码头上，代表大明的董宣武和代表倭国的德川秀忠达共同签署了这两份和书。至此，持续了半年之久的大明与倭国的战争状态终于结束。董宣武当场释放了所有倭国被俘的将官，并派派快船前往萨摩，下令向萨摩大名岛津忠恒移交所有被俘的倭国士兵。
签订合约前，青山幸成已经跟董宣武签订了另外一份协议，就是董宣武答应将大明东南沿海诸省水师退役下来的二十艘二级福船，在改造成李广级战舰后，分数批转卖给江户幕府，协议金额多达五百万两。德川幕府需预付一百二十万两的订金。
另外，董宣武还答应给江户幕府训练一千人的现代军队，并提供相对应的的枪支弹药，为此，江户幕府也要付给董宣武一百万两白银。
一下子要支出这么多银子，江户幕府根本拿不出来。
董宣武趁机推出了五行商业银行，无奈之下江户幕府以倭国的各种税赋为抵押，向五行商业银行借贷了一千五百万两银子，协议按二十年还清，按一钱利息计算，预扣两年的你的利息，实际付给江户幕府一千二百万两白银。
签订完合议后，接收完银子，董宣武留下一部分官员处理后续事务，当即趁着季风率领舰队返回大明，此时已经是五月初，董宣武离开大明足足有半年多的时间，这段时间与朝廷断了音信，也不知这段时间朝中又发生了什么事情。
这次倭国之行，董宣武可谓是满载而归，光是为朝廷弄来的银子就足有一千多万两，更不要说卖战船所得，以及受取的各种贿赂。单单卖战船的预收的银子就足以再建三支同规模，性能更先进舰队。
经过半个月的海上航行，凯旋的舰队终于回到台湾。
在码头迎接队伍中，董宣武发现迎接他的台湾巡抚董宣仁以及随从的大小官员，还有五行卫留守将领的脸色都不太对劲，心中不觉有了一种不祥的预感。
迎接仪式结束后，回到府衙的董宣武来不及休息，一把拉住董宣仁的胳膊，问道：“大哥，最近究竟发生了什么事情？”
董宣仁看了看四周，低声说道：“二弟，大事不妙！”
一个连串的惊人消息在董宣武耳边爆炸：
天启七年三月，天启皇帝在客氏、魏忠贤的陪同下到宫中西苑乘船游玩时，在桥北浅水处大船上饮酒后，又与王体干、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛舟，谁料一阵狂风吹来，小船被狂风刮翻，天启皇帝跌入水中，差点被淹死。（此事原历史上发生在七月，天启皇帝挨到九月就驾崩了。）