每个师又下辖两个旅，以及工兵团、炮兵团等直属部队，但不设侦查兵部队。约一万三千人编制。
每个旅下辖三个团(团的编制实际是原来的营编制）及侦查兵中队，五千人编制。
每个团下辖三个营（营的编制实际为原来的标编制），每个营下辖三个连。连及连以下的编制没有做什么改变。
具体的整编如下：
以原青龙营、厚土营、青木营和随燕无为出征的部分台军为骨干，吸纳一部分明军扩编为大明第一军，又称青龙军，继承青龙营军旗，以燕无为为军长。下辖两个师分别为第一师和第二师。
以原朱雀营、烈火营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵扩编为大明第二军，又称朱雀军，继承朱雀营军旗，以为柳若非代军长。下辖两个师分别为第三师和第四师。
以原白虎营和锐金营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵扩编为大明第三军，又称白虎军，继承白虎营军旗，以吴三桂为军长。下辖两个师分别为第五师和第六师。
以原玄武营、寒冰营、腾蛇营为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵，扩编为第四军，又称玄武军，继承玄武营军旗，以周通为代军长。下辖两个师分别为第七师和第八师。
以黔军为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵，扩编为第五军，又称腾蛇军，继承腾蛇营军旗，以熊兆琏为军长。下辖两个师分别为第九师和第十师。
按照规划，第一军完成对安南的征伐后，将第一师驻守福建，第二师驻守广州，军部设在福建，协同地方部队主要负责东南沿海诸省及江西等地的安全防务和作战任务。
第二军则将驻守西北，协同地方部队主要负责西北方向的安全防务和作战任务。
第三军结束辽东战事后，将驻守辽东，协同地方部队主要负责东北方的安全防务和作战任务。
第四军第七师驻守京城，第八师驻守淮南，军部设在北京，协同地方部队主要负责中原、京师、山东、河北、江南的安全防务和作战任务。
第五军在完成对东吁的讨伐后，第九师将驻守贵州、第十师将驻守云南，协同地方部队主要负责西南方向的安全防务和作战任务。
此外，在京城、贵州、福建设三处新兵训练基地，以后部队的兵员将都由这三处新兵训练基地提供。部队不得私自招收兵员。
在此基础上，在北京设立参谋总部，由董宣武负责，负责拟定各种战略预案。并下设大明高级军官学院，所有团及团以上军官必须经过高级军官学院培训后才能任职。
大明高级军官学院名义上的校长是大明皇帝，但具体事务，也是由董宣武负责。
另外，原明军其他部队也将以旅为单位，陆续进行整编成乙种地方部队，彻底取消原有的卫所军户制，改为募兵制。不过这方面的改编涉及方方面面，不可能像五行卫那般迅速，估计要延续很长一段时间。
与此同时，董宣武还提出预备役制度。只是这一条遭到了东林党人的强烈反对而没有在廷议上通过。东林党认为此举纯粹是浪费国帑（念tǎng）、穷兵黩武。
这五个军的所需饷银和开支，将暂时由参谋总部提供绝大部分，兵部象征性地提供少部分银两。
值得一提的是，五行卫整编后，五行商会中原五行卫所持有的股分将直接转到参谋总部名下（私人所持股分不变）。所以，参谋总部才有支撑这五个军的财力。
鉴于大明官场目前贪污横行的情况，董宣武不可能一下子把五行卫所持股分交给朝廷，那样一来，相信要不了多久，这只会下金蛋的鸡就会被人吞得连渣都不剩。没有五行商会财力上的支持，由五行卫改编来的这五个军很快就会垮掉。这是董宣武坚决不可容忍的。所以，才会出现由参谋总部接受五行卫财产，负责这五个军主要饷银和开支的奇怪事情。
在这个问题上，东林党、保皇党大臣自觉理亏，也没好意思多做纠缠。当然，另外一个原因是，这是董宣武的底线所在，他们不敢在这上面惹毛了董宣武。毕竟，真要惹毛了董宣武，枪杆子又在董宣武手上，董二愣子的名声也不是吹出来的，他们也不会有好果子吃。
也就是说，五行卫通过整编，名义上国有化了，但实际上，日后在相当长的时间内，董宣武将会通过参谋总部继续控制改编后的这五个军。
这并非因为董宣武贪恋权势，而是实际情况不允许。
董宣武很清楚，他在大明所做的一切其实都是以五行卫存在为基础的。丢了五行卫，他这些年所做的努力将会化为梦幻泡影，大明也很快会变成以前的大明。
至少在目前阶段，必须要有军队为他在大明所做的一切护航，震慑住那些反对他改革的势力。
从长远来看，当大明建立起合适的制度，厘清吏治，这支队伍以及财权，迟早都会交给大明的。
除此以外，原大明南洋水师和筹备中的大明北洋水师，也会由总参谋部提供绝大部分的财力支持。其实也是控制在董宣武手中。
而浙江、福建、广州的水师，五行卫也提供了财力支持，在一定程度上也受董宣武的影响。
也就是说大明几乎三分二的海军力量都为董宣武直接或间接控制。
不过这一块，朝廷其他大臣，还没有意识海洋的重要性，更不知道海军的重要性，并未引起重视。
董宣武提请着手整编、扩编五行卫的奏章，很快就得到了朝廷的批准。
在接下来的三个多月的时间内，明军基本没有进行大的战事。无论是驻扎在安南边境上青龙营，还是杀入到东吁境内黔军，以及东北的白虎营、锐金营，以及回到京城的其他五行卫部队，都大力投入军队整编中去。
经过这次整编，五行卫有了一个质的飞跃，终于从一个地方武装，上升到战略武装的层面上来。