三年的时间，很快就过去了。晶臧感觉仿佛完成了一次蜕变，大家都长大了，只有猿飞日斩和自来也还是老样子。白更加的美貌迷人，君麻吕潇洒飘逸，二人宛如金童玉女，一对璧人。晶臧16岁了，个子长高了，依然是黑色的短发，普普通通的相貌，但神采飞扬，脸上充满了自信。当年被戏称为矮冬瓜的鸣人，也长高了，依然是狐狸脸，身上却充满了阳光气息。猿飞亲眼看着几个人的成长历程，心里非常自豪，“晶臧三人的实力进步之快，超乎了我的想象，距离影级的日子已经不远了，剩下就要看机缘和实战了。”
君麻吕的体术和骨遁已经到了出神入化的境界，唯一让猿飞感到遗憾的是，君麻吕在幻术上没有任何天赋，这一点跟鸣人完全一样，猿飞只好将破解幻术的办法教给君麻吕，还好君麻吕的骨头在危急时刻能够自动打散身体的查克拉解开幻术。
白的冰遁，也是进境神速，许多新奇的忍术都已经可以自由施展，她将水无月一族的天赋发挥到了极致，尤其是在温度的把握和控制上。绝对零度，虽然白现在还达不到，但已经摸到了门径。白在体忍幻三个方面中，忍术最强，体术其次，幻术也是最差，但比君麻吕要好很多。
晶臧的进境是最快的，无论是查克拉的增长还是剑术的修为。三年里，猿飞不断地逼迫、磨练晶臧，将晶臧的潜力都挖掘出来。现在的晶臧，几乎就是二代火影千手扉间的翻版。水遁忍术和剑术都到了极高的层次，所欠缺的只是实战经验。体术上，晶臧的速度奇快，几乎达到了人类的极限，攻击力却稍差一些，但金遁忍术的攻击性弥补了这个缺陷。
幻术上，晶臧依靠自身的光遁查克拉，对幻术的免疫力很强，而且经过苦修，学会了唯一的一个幻术，二代火影的黑暗行之术！这个幻术依赖对水的精确控制，将敌人逼到黑暗中去，而且这个幻术非常难以解开，这是个让猿飞和大蛇丸都同样头疼的幻术。猿飞告知晶臧，这个幻术虽然厉害，却对付不了万花筒写轮眼，只能应付普通的写轮眼。黑暗行之术是个无法复制的幻术，除非对方同样拥有最高的控水能力，如二代火影那个层次。
忍术上，晶臧最强的依然是水遁忍术，已经能够使用极少的查克拉，发出强大的水遁。金遁忍术无坚不摧，却必须依赖兵器，这三年的进境有限，这也是为何忍界公认金遁忍术是鸡肋忍术的原因。但这个忍术对晶臧而言，还是很有用的。雷遁忍术，晶臧必须依靠金雷剑才能使用，在猿飞看来，除了加强了金雷剑的攻击力之外，用处并不是太大。所以，金遁和雷遁都是辅助属性的，晶臧依然是以水属性查克拉为主体。
剑术上，无论飞剑术还是木叶流剑术，晶臧的进步都是最大的，日日夜夜的苦修呈现出最好的结果。与三年前相比，即便是一样的招数，威力也完全不同了，可以说今非昔比远胜从前。精彩的剑术，犀利的宝剑，即便是猿飞日斩也要召唤出金箍棒，全力应付，才能挡住晶臧的攻击。而晶臧基本放弃了剑指的修行，因为这不适合水属性的忍者，剑指更适合拥有风属性的月光疾风。人的精力有限，晶臧自认为不是天才，没有继续在剑指上花费时间，医疗忍术上同样如此，当然这也是猿飞日斩劝导的原因。
在修行上，晶臧练成了螺旋丸，但必须依赖柔云掌才能单手用出螺旋丸。晶臧的螺旋丸与鸣人不同，晶臧命名为“柔云螺旋丸”，由于柔云掌的关系，柔云螺旋丸可以投掷攻击，也可以近距离贴中攻击，威力与鸣人的大玉螺旋丸相同，远超过普通的螺旋丸。单纯的螺旋丸，晶臧却是使用不出来，因为他不能像鸣人那样用影分身来帮忙完成。在猿飞看来，这是晶臧和鸣人各自的特点造成的，鸣人必须要依靠影分身协助才能完成螺旋丸的形成，同样的道理，晶臧也要依赖柔云掌的柔性，才能形成螺旋丸。相比之下，四代火影和自来也直接可以单手使用螺旋丸，在查克拉运用的修为上强过晶臧和鸣人太多了。
影分身上，晶臧先后制造出了10个超量影分身，4个放置在异界的恐龙神殿的结界里面，处于休眠状态，分别代表奇门遁甲里，最尊贵的甲和三奇的乙丙丁，三奇的作用是保护甲。当本体有生命危险时，甲分身可以直接将本体逆通灵到异界躲避。剩下6个超量影分身代表六仪，封存在卷轴里，留作危险时使用。可以说，晶臧用超量影分身来协助使用时空忍术。这个奇怪的方法，让猿飞也大开眼界。实际上，晶臧是参考了日后鸣人的仙人模式影分身的方法，鸣人就是将独特的影分身放在异界吸收自然界查克拉，需要时，使用通灵术再召唤过来。
而晶臧将其进行了改变，直接按照奇门遁甲的方法，将其中四个放置在异界，给时空忍术创造条件。在奇门遁甲的研究上，晶臧也只是初步摸到些门径，要想像四代火影和二代火影那样自由使用时空忍术，目前还做不到。由于晶臧查克拉量的大增，在不影响战斗力的情况下，还能够分出12个普通影分身，不是每个人都能像鸣人那样分出成千上万影分身的。晶臧将10个超量影分身称之为天干影分身，12个普通影分身呼之为地支影分身。当然，鸣人认为晶臧纯粹是多此一举，“每个影分身还不是都一样使用。”
有2个忍术，一直是晶臧最好奇的，那就是四代火影的飞雷神之术和二代火影的秽土转生。猿飞日斩不肯将这两个忍术教给晶臧，不仅仅是因为猿飞自己不会的原因，而是其他的原因。猿飞仔细解释过，“秽土转生打破了禁忌，是禁术，二代火影并不希望这个忍术传承下来。飞雷神之术，是水门的绝技，可是这个时空忍术对个人的素质要求很高，并不适合你。”晶臧并没有失望，“我本来也没打算学会这两个忍术，只是有些好奇罢了。我又不会土遁，玩不了秽土。至于空间忍术，等我完善了最适合我的奇门遁甲之术，一定不会输给四代火影的飞雷神之术。”猿飞好笑，“那你试试吧，像这样高级的时空忍术，可不是那么容易研究明白的。”
木叶其他人的进步也都很大，这三年的时间大家都没有荒废。小樱继承了纲手的衣钵，除了精通医疗忍术外，学会了强大的怪力拳，中级层次的幻术。志乃的虫术也非常精熟，运用自如，牙和赤丸也已经能够自由施展牙狼牙和狂犬吠日这种高级的忍术了。雏田的柔拳进步也不小，而在太极上的进境超过了宁次。宁次则相反，在柔拳和八卦掌上稳稳压住雏田，但在太极的领悟上，却远不如雏田。八云的幻术突飞猛进，她现在用画板描绘攻击的速度，已经与结印发出忍术相差无几了。她的体术也有了很大进步。当然，八云依然是小组垫底，这是先天体质造成的，没办法弥补。
阿雪的感知能力和火遁忍术，都非常了得，已经是木叶最知名的感知忍者。梁襄的刀法一日千里，在卡卡西的帮助下，梁襄将白牙的刀法进行了改造，让这套刀法更适合自己，因为梁襄不具备旗木朔茂的一些强大能力。千夏的木遁忍术和剑法也都非常精熟了，火遁也能够正常使用了，大和功不可没。三年来大和付出了不少心血，将千夏培养成了强力的木遁忍者。猪鹿蝶三人组，也都有了长足的进步。井野的医疗术只比小樱稍差一点，鹿丸和丁次的家传忍术更加精进了，鹿丸能够自由使用影子，而丁次也可以将身体任意放大了。
小李的体术完全继承了阿凯的真传，但八门遁甲依然只能开到第五门。天天的忍具能力增长很多，功夫熊猫已经长大，与天天配合默契，弥补了天天近战能力不足的弱点。干笋的定位在辅助忍者上，他能够大幅度增强队友的战斗力，声音攻击和幻术攻击也都有了更多的进步，而且他的体术也没有放松，尤其是在速度上，仅次于小李，还在天天和宁次之上。
不过，干笋的近身战斗能力远不如小李和宁次，跟天天在同一个水平。宁次在太极上虽然进步一般，但却让他开了眼界，见识到了新的层次。笼中鸟的开启，让宁次完全脱离了束缚。日足已经将日向家的绝技，能够远程攻击的八卦空掌破例传授给了宁次。宁次的确是天才，在这帮伙伴中，是进步最快，也是最强的一个，至少表明上看是这个样子的。
三年的苦修，赤门学终于有了“长足”的进步，已经可以接受c级任务的委托了，神月出云和钢子铁都认为赤门学从实力上来讲，勉强具备了中忍的资格，但在其他方面，比如意志、精神层次等，依然是糟糕的不能再糟，临阵退缩是家常便饭。
月光疾风和卯月夕颜、阿斯玛和夕日红已经是木叶公认的两对情侣，疾风和夕颜都还年轻，想要再等几年再考虑婚事。而阿斯玛和红结婚的事情已经提上日程，打算等猿飞回到木叶，就举行婚礼。水木已经病死在监狱里，伊鲁卡和椿也开始正式交往，似乎木叶又要出现一对令人羡慕的情侣。这些事情，都是八云和雏田给晶臧的信里提到的。
这三年，大蛇丸也没闲着，领着手下那帮稀奇古怪的人，三次入侵云隐，意图染指完美人柱力。第一次入侵只是试探，前文已经提过。在第二次入侵时，大蛇丸在雷之国的山涧投了剧毒，让整个雷之国都陷入瘟疫恐慌中。大蛇丸的这种毒药，就如同欧阳锋的蛇毒一样，流毒无穷，但实际上并没有那么可怕，也不可能将所有的水源都污染，而且随着水的流动，毒性也会减弱。但在当时，却给雷之国和云隐造成了巨大的损坏，恐慌、骚乱、暴动，一时间遍布整个雷之国。这次入侵中，雷影和奇拉比兄弟联手，又使用了云隐的宝具才将大蛇丸挡了回去，但云隐损失极大。
第三次入侵时，大蛇丸使用秽土转生，召唤出许多千奇百怪的忍者，又用了不少禁术，差一点就将毛毛躁躁的奇拉比给抓走，多亏了云隐的一些精英忍者拼死阻击，才没让大蛇丸得逞。这次造成的损失更大，折损的都是云隐的军事骨干，连二尾人柱力都被打成了重伤，雷影气得将房子都掀了。自此以后，整个云隐谈蛇色变，综合实力只剩下原来的一半，再也无力向其他四国挑衅。就这样，忍界平平安安地过了三年，除了雷之国其他国家没有爆发大的战争。雷影不是没想过去找大蛇丸报复，可是大蛇丸的蛇窟太多，又非常隐蔽，根本找不到人，况且派去的人如果不够影级，只能被大蛇丸虐。
雷影也几次派使者去木叶问罪，五代火影纲手直接给挡了回去，“大蛇丸已经是叛忍，如果云隐能够将他除去，我们也可以理解。如果能抓住大蛇丸，将他交给我们木叶，那再好也没有了，我们会万分感激的。”雷影得到这样的答复，大发雷霆，却也无可奈何。不得已的情况下，雷影只好让奇拉比躲起来修行，禁止他离开村子。又在附近加派了很多的人手，暗中保护奇拉比。奇拉比虽然不高兴，但由于是大哥的命令，也只好服从。
经过这三次战役，三忍的威名再次震动忍界，大蛇丸名噪天下，很多人都认为大蛇丸已经超过了他的老师猿飞日斩。只有猿飞听到这个说法后，黯然不语，心里充满了伤痛。晶臧叹气，“在猿飞大人心目中，大蛇丸永远是他最喜欢，也是最有能力继承衣钵的弟子。只可惜……”白悄悄递上精心做好的食物，又低声说起一些趣事，希望能缓解猿飞的心情。君麻吕却非常气愤，“猿飞大人对大蛇丸恩重如山，大蛇丸却背叛了自己的师父，这是绝对不可以原谅的！”