终于有一天，自来也决定要踏上旅程了，他要增加阅历，接触更多的人，以便为将来做出正确的选择，引导那个变革者。自来也道，“就像大仙人梦中那样，环游世界，叙写小说吧！那好像就是我的命运。”自来也为了寻找大蛤蟆仙人梦境的意义，四处随意旅行的时候，世上开始骚乱。忍者五大国统治下的和平岌岌可危，随着动乱，各国开始了侵略和内乱，并开始逐渐危及到了普通民众的生活。
一天下雨的天气，自来也在一个废宅避雨，他遇到了一个旅行者。旅行者问道，“年轻人，你为什么旅行？”自来也回答，“寻找自己的命运。”那个旅行者抱着一个婴儿，婴儿哭泣起来，自来也递过去一颗奶糖。出乎自来也的意料，那个婴儿是个傀儡。原来这个旅行者是一个会制造傀儡的忍者。
傀儡忍者道，“这个孩子说了，命运是不需要寻找的。对于到来的命运，就要认命。战乱逼近了，在和平时代没有用处的傀儡制作技术，也可能以高价卖给某个国家的大名。”这位傀儡忍者，疑似砂隐忍者，他选择了融入毁灭时代的浪潮之中。注：后来这个傀儡忍者成为佩恩六道里面的修罗道，变为机械化的傀儡身体，能使用火箭弹攻击。
又旅行了一阵，自来也去了酒馆，受到招待女郎的热情款待。性感火辣的女郎殷勤劝酒，“开心一点啦！我说，你在写什么？”自来也叼着笔，手在女郎的身体上不老实的游动，“仅仅融入时代大潮，是无法完成世界的引入，至今为止从未有过的和平变革。”女郎挤入自来也的怀中，“要改变的话，就先改变我吧！”自来也大笑，“也是，好像这样比较开心！”正当自来也与女郎进行深入交流时，隔壁传来赌博不公平的吵闹声。
自来也过去劝架，制止了那些人的打斗。抱怨不公平的男子，是个草隐的忍者。自来也邀他喝酒谈心，草忍道，“该死，我的命运为什么这么苦？为了复兴一族，我还要着手做不习惯的农活。”通过交谈，自来也明显感觉到这人对世态的强烈不满。自来也劝酒，“我也在探究自己的命运，可是一直找不到方向。”草忍道，“那种东西再怎么找也没用的，区区我们一族就斗不过大国的忍者村。”自来也道，“这家伙怎么回事，尽发牢骚！”
旁边有个长发的人打断了二人的话，加入了交谈，“其实并非如此哦！我在村子里就教给孩子们，面对艰难命运时，该如何应对的方法。”草忍道，“你是说仅靠教育就能阻止战争吗？别说漂亮话了！”草忍打向那人，那人跳开，落在自来也身边。自来也这才察觉，对方是个泷隐的忍者。泷忍道，“这恐怕是不可能的，不过通过教育，也许能让他们掌握选择更好的选项的能力。”自来也问道，“那所谓的选项是……”泷忍道，“自是生或者死的选项了，我能教的是苟且偷生的方法。”
自来也很失望，他知道只有这样是不行的。他必须要选一个能给世界带来和平的变革者。注：长发泷忍后来变成佩恩六道里面的人间道，能够读取他人的记忆、思想，并抽走灵魂。草忍变成佩恩六道里面的饿鬼道，能够吸收忍术和查克拉。
自来也继续旅行，有一天他经过一个废弃的村庄，一群人围着，有个男子进行演讲，让大家通过努力来改变生活，创造和平。自来也问他如何给世界带来和平，那个男子是个宗教领袖，“这个世界已经进入了战乱，并且已经阻止不了了。”自来也疑惑，“那你刚才说的努力是什么，如何改变这些人的命运呢？”宗教法师道，“只有一心祈祷了，现在能做的只有这个了。”自来也很失望，他要找的人不是这个人。注：宗教领袖，后成为佩恩六道里面的地狱道，拥有复活和审判的能力。
自来也继续旅行，穿过森林，他来到一个村庄，那是个普通的村子，但已经被大火包围了。一把风魔手里剑打向自来也，自来也俯身躲过，紧跟着一排苦无就射了出来，自来也蛙跳躲开。对方掷出起爆符，爆炸后，又马上扔出一把风魔手里剑，击中了自来也，烟雾散后，对方才看到风魔手里剑射中的是一根木桩，是替身术。自来也蹲在树上，大为恼火，“这个手里剑之术，你是风魔一族的忍者……为什么要袭击安稳过日子的村民的村子呢？”
那个青色头发的男子看出自来也也是忍者，“你还真是悠闲！世界的和平正处于崩溃之际，何时发展成大战也毫不奇怪。那个村子因为有忍者潜入的消息而被摧毁。”自来也道，“就因为这样吗？”风魔忍者道，“需要摧毁，就必须摧毁。这是一个一旦犹豫就会被干掉的世界。”自来也掷出了两颗烟雾弹，让对方陷入混乱。后过来攻击，与风魔忍者战斗。那个风魔忍者的实力不差，并没有被轻易击倒。
自来也道，“你还真有一手！”风魔忍者道，“你也是忍者的话，不能视而不见。放弃吧，这是我们忍者的命运。”自来也道，“我能再说一句吗？”风魔忍者道，“我没兴趣，你去死吧！”风魔忍者用手里剑把自来也钉入了树中，自来也道，“要我放弃，还是你自己放弃吧！”自来也消失，是影分身。自来也的本体出现在后面，苦无划过，风魔忍者急退，额头被苦无划伤。
风魔忍者自知不是自来也对手，“可恶，就算打败我，还会有其他忍者来攻击这个村子的。只要我们还活在这个被诅咒的忍者世界里，就不会有和平。”风魔忍者战败负伤而去。注：风魔忍者，后为佩恩六道里面的畜生道，能使用通灵术，召唤大量不同类的通灵兽。
自来也经过了几度寻找，依没有找到能够给世界和平带来变革的人。在这时已经开始无法阻止的战争连锁，自来也只好先停止了他的邂逅命运之旅，不得不回到了木叶村。当时正值第二次忍界大战爆发，战争残酷而无情，连纲手的弟弟绳树都死在了战火中。大蛇丸带回绳树的遗物，初代火影的项链。纲手悲痛欲绝，自来也陪在纲手身边安慰。在忍者的世界里为了消除悲伤，自来也发誓一定要找到那个变革者，必须要选择创造和平的人。
战争的火苗终于将自来也等人也卷入了漩涡之中，不论他们愿不愿意，这就是后来人们称之为的第二次忍界大战。而自来也三人被称为传说中的三忍，也是这之后不久的事情。值得一提的是，第二次忍界大战时，二代火影已经在这之前过世，三代火影由猿飞日斩担任。注：关于一战、二战、三战的界限都不太明朗，编年史同样混乱不堪，众人各说纷纭，本暂且按照这种说法进行。
雨隐村，大雨滂沱，年轻的大蛇丸、自来也、纲手姬三人对阵雨隐的首领，传说中的半神，山椒鱼半藏。戴着防毒器的半藏，站在大型的通灵兽山椒鱼上，俯视三忍。半藏忽出手，向三人射出了大量的引爆符苦无。三忍一起跳起来躲避，爆炸在地上发生，升起大量烟尘。半藏在视线不明的情况下，依锁定了纲手的位置，一捆带线的起爆符，缠上了纲手。纲手大惊，自来也过来营救，“忍法，针地藏！”白色的头发变长，包裹住纲手，将纲手拉出了爆炸中，与自来也汇合在一起。
烈火在雨地里烧，自来也依靠绝对防御针地藏挡住了半藏的这次攻势。半藏非常吃惊，大蛇丸趁机发动了潜影蛇手，缠住了半藏。自来也配合反击，“忍法，针地狱！”头发变长，形成大范围针刺，刺向无法动弹的半藏。半藏发动了瞬身之术，脱困而走，大蛇丸与自来也的攻击一起落空。通灵兽山椒鱼向前移动，发出咆哮，逼退了自来也和大蛇丸。半藏重新站在山椒鱼头上，而这时候，三忍都有些疲惫不堪。刚才为了救纲手，自来也的腿被爆炸的余波烧伤。
纲手有些歉意，扶起自来也。自来也逞强，“这种程度的烧伤不算什么！”大蛇丸道，“连我们的配合忍术都无法奏效。”自来也叫苦，“到此为止了吗？”三忍气喘吁吁，周边倒在地上的多是木叶的忍者。半藏有些无奈，他这边的雨忍们也都打光了，“这么年轻，真是了不起啊！竟能把我逼到这种程度。这场战争恐怕是木叶获胜了，看在猿飞日斩的面子上，我就放你们一条生路吧！”自来也怒道，“我们不需要你的同情！我们还可以继续战斗。”纲手喝止，“别说了，自来也！”
半藏道，“你们三个人很厉害，不愧是猿飞日斩的学生，连这种处境也能幸存下来，让我感到十分棘手，我就给你们一些时间来成长，再变强一些再向我挑战吧！作为饶你们一命的代价，各自报上名号吧！”三忍各自说出了名字，半藏道，“你们的名号已经深深刻在我的心中了。自来也、纲手、大蛇丸，我半藏，从此以后称你们为木叶三忍。你们就自称这个以生命为代价换取的名号吧！”正是在这次的战斗中，三忍才名扬天下，正是跨入了另一个境界。在此之前，半藏与猿飞也交过一次手，半藏不敌精通五遁忍术的猿飞，输了一筹。因此借着这个机会，半藏就放过了三忍，留给木叶一个人情。
战斗结束后，三忍带着挫败的感受，在一个山洞避雨。自来也吃着饼干，“就像半藏所说的，以木叶的胜利告终吗？”纲手道，“那之后要做什么，继续旅行吗？”自来也道，“说的也是呢，继续旅行写那本吧！”纲手道，“为什么你就不能在村子里安静地生活呢？”自来也道，“有种还要遇到的感觉。”纲手道，“之前所说命中注定的家伙吗？”大蛇丸嘘了一声，纲手和自来也看向里面，自来也道，“还是孩子呢。”
大蛇丸道，“不要大意，即便是小老鼠，也是雨隐村的人。”纲手道，“不要躲着了，快出来吧！”里面走出一个棕色头发的男孩，有些狼狈的样子，“请分给我一些食物。”自来也问道，“你的父母呢？”那个男孩就是弥彦，“在这场战争中被忍者杀死了。”自来也有些感伤，拿出了干面包递给弥彦。弥彦回头喊，“长门、小南，出来吧！他们看上去不像坏人。”里面又走出一个红色头发的男孩，和一个蓝色头发的女孩，这就是小时候的长门和小南。
他们跑过来不仅把自来也的干面包都拿走了，还顺手取走了纲手的饼干。纲手见他们可怜，也没说什么。休息了一阵后，冒着大雨，木叶三忍踏上了归途，三个孩子跟在后面。走了一段后，纲手忍无可忍，回头道，“刚刚已经分给你们食物了，干嘛还要跟着我们？”小南从背后掏什么东西，战场上的反应，让纲手本能地准备出手。自来也阻止了纲手，小南取出了一朵纸花，递给纲手，“谢谢你们，这是我们的谢礼。”
自来也道，“是折纸啊，用干面包的包装纸做的。”纲手道，“把这个给我们吗？”小南点头，弥彦壮着胆子，说出想要学习忍术的愿望，“请教我们忍术吧，你们是木叶的忍者吧！”自来也和纲手都有些惊讶，大蛇丸却道，“要杀掉他们吗？我已经看惯了战争中的孤儿，但还是觉得他们十分凄惨。索性在这里杀掉他们，对这些孩子们来说也是……”个孩子吓坏了，弥彦本能地把小南和长门挡在身后。
自来也喝止大蛇丸，“你和纲手先回去吧！我暂时照顾一下这几个孩子。”纲手道，“什么？你又自作主张了！”自来也道，“等他们多少能自立生活一些为止，这算是一点点赎罪吧！”纲手道，“可是村子那边……猿飞老师又要头疼了。”自来也非常欣赏弥彦的勇气，认为这次相遇也是命运的安排。