然而，平静之中仍暗潮涌动。一个隐藏在黑暗中的组织一直在秘密收集基因改造技术的数据。他们由一些极端分子组成，妄图利用这项技术创造出只属于他们的奴隶种族。
一日，浩然集团监测到一处偏远星球上有可疑能量波动。小李带领小队前去调查，竟发现是这个组织在那里建立了非法基地。他们正在对当地生物进行残忍的基因试验。
小李等人立刻发动攻击，解救那些可怜的生物。激战中，小李发现这个组织已经破解了一部分核心技术，形势严峻。关键时刻，联盟内各个星球纷纷派出援手。众人齐心协力捣毁了这个非法基地。
之后，小李意识到必须进一步加强技术保密措施。他联合联盟内所有智慧生命开发出一套全新的加密系统，专门用于保护基因改造技术。从此，基因改造技术在严格的管控下安全发展，浩然集团继续带着全宇宙迈向更高层次的文明与繁荣，而小李也成为了宇宙史上永远闪耀的传奇人物。
多年后，浩然集团已成为宇宙秩序的象征。这天，小李收到一份来自遥远星系的求救信号。原来是一种未知的宇宙力量正在侵蚀那个星系，生物们的基因链被莫名干扰，导致身体机能急剧下降。
小李带上团队紧急前往。到达后发现这种力量似乎与早期基因改造技术有着微妙联系。通过研究，他们推测是当年被击败的黑暗组织留下的后手，一种特殊的自毁程序变异而成。
小李决定再次冒险尝试用基因改造技术对抗。他亲自进入危险区域采集样本，经过无数次试验，终于研制出一种净化基因药剂。
当药剂释放到星系中，那股邪恶力量渐渐消散。这个星系的生物对小李感恩戴德。此事过后，小李对基因改造技术有了更深的敬畏之心。他下令重新审查所有关于基因改造技术的研究和应用，确保类似事件不会再次发生。而他本人则继续投身于宇宙间的各种危机处理，以浩然集团为基石，保障宇宙的和平与繁荣。
在一次巡视新纳入联盟的星球时，小李发现这里存在着一股奇异的气息。调查后得知，有一种神秘的矿石在这里被开采，而这种矿石似乎有着影响基因的能力。
小李怀疑这背后是否又有别有用心之人在搞鬼。他带领团队深入矿区，却遭遇了前所未有的抵抗。这些守卫矿区的生物并非普通角色，它们像是被某种力量控制着，不惧伤痛。
经过一番苦战，小李抓到了一个守卫。经过检测，他惊讶地发现这些生物体内被植入了一种混合基因，这种基因既有古老生物的特性，又掺杂着基因改造技术的痕迹。
顺着这条线索追查下去，小李最终发现是一个被流放的前集团研究员所为。他因为不满技术共享，便私自来到这里妄图利用矿石创造出无敌的生物军团。
小李与他展开对决，凭借丰富的经验和对基因技术深刻的理解，小李成功挫败了他的阴谋。而后，小李再次完善了集团内部的人员管理机制，防止类似事情再度发生，继续守护宇宙的和平与繁荣。