平息梦境危机后的西红柿部落，迎来了宇宙基因管理局的特别委托。一封印着螺旋dNA图案的加密信件送到雅丽族长手中，烫金字体写着：“检测到宇宙美食基因链出现异常波动，疑似未知变异体入侵，唯有西红柿部落的特殊料理能追溯根源。”刘老鬼抢过信件，对着阳光眯眼细看：“基因链？这不比炒西红柿还简单？我能让变异体乖乖叫我姑奶奶！”
小奶丁的魔法棒突然剧烈震动，在空中投射出全息影像：宇宙各处的美食星球正在崩塌，草莓星系的草莓长出獠牙，巧克力星云的巧克力流淌着毒液。更可怕的是，无数变异食材组成的“美食军团”正朝着西红柿部落的方向集结，领头的竟是一只三米高、浑身长满尖刺的西红柿变异体，头顶还戴着黑帽人的同款礼帽。
“不好！是黑帽人残留的黑暗料理基因！”小奶丁脸色煞白，“他被净化时，部分变异基因散落在宇宙中，现在... ”话没说完，部落警报声大作。变异食材军团已经兵临城下，巨型蘑菇炮弹砸得地面颤抖，会飞的章鱼烧喷射着墨汁，连部落的防御藤蔓都被腐蚀成焦黑色。刘老鬼抄起祖传的西红柿加特林，边扫射边喊：“来啊！尝尝姑奶奶的番茄酱暴雨！”
雅丽族长带领众人退守实验室，发现部落里的普通西红柿也开始出现变异征兆——有的长出机械齿轮，有的变成半透明幽灵状。永革在显微镜下观察样本，惊得打翻了手中的试管：“这些变异体的基因链上，刻着黑帽人的专属咒印！它们在吞噬其他食材的美味基因，进化成更强大的怪物！”
为了阻止基因暴走，小奶丁提议制作“基因调和剂”，但需要采集宇宙各处的纯净美食基因。阿朵自告奋勇带领小分队，驾驶着用西红柿改造的星际飞船出发。在草莓星系，她们与长着獠牙的草莓怪展开搏斗，阿朵用秘制酱汁喷枪化解危机，成功采集到未变异的草莓基因；在巧克力星云，天琴仙用贝斯演奏舒缓旋律，安抚住发狂的巧克力，取得珍贵样本。
而刘老鬼坚持留在部落，带着一群女战士改装防御工事。他把辣椒发射器升级成“火焰龙卷风炮”，将西红柿藤蔓编织成能自动识别敌人的“智能捕兽网”，甚至给部落的吉祥物小西红柿装上了激光眼。“这次一定要让变异体知道，咱们西红柿部落的厨房，比战场还危险！”他叉腰大笑，却不小心触发了自己发明的“反向调料喷射器”，被喷了一脸芥末酱。
当阿朵等人带着基因样本返回时，变异体军团已经攻破外层防线。巨型变异西红柿挥舞着布满倒刺的藤蔓，将刘老鬼的防御工事撕成碎片。千钧一发之际，小奶丁将采集的基因样本倒入巨型搅拌机，加入部落祖传的秘制酱料、姐妹们的信念之力，以及永革新研制的“美味稳定剂”。“成了！基因调和剂！”小奶丁大喊着将绿色液体倒入发射装置。
调和剂如同一道绿色闪电划破天空，所到之处，变异食材纷纷停止攻击。巨型变异西红柿在光芒中痛苦挣扎，体表的尖刺逐渐消退，露出原本鲜红的果肉。突然，它张开嘴巴，吐出一团黑雾，黑帽人的虚影从中浮现：“你们以为这样就能彻底消灭我？我的基因已经融入宇宙美食的血脉！”
雅丽族长举起西红柿权杖，目光坚定：“真正的美食基因，是传承与创新，是温暖与希望，绝不是你用来破坏的工具！”她带领众人将所有的料理能量注入调和剂，金色光芒与绿色能量交织，形成一道璀璨的光柱直冲云霄。黑帽人的虚影在光芒中发出凄厉的惨叫，最终消散成点点星光。
危机过后，宇宙基因管理局送来“美食基因守护者”勋章。小奶丁用魔法在部落上空搭建了“基因监测塔”，塔顶的巨型西红柿能实时扫描宇宙基因波动；刘老鬼则把变异体残骸改造成“美食历史博物馆”，展品包括长獠牙的草莓标本、机械齿轮西红柿等，还配有语音讲解：“看！这就是想和姑奶奶作对的下场！”
夜晚，部落的星空格外明亮。阿朵站在基因监测塔下，望着宇宙深处。她知道，只要守护住美食的本真，无论多么强大的变异威胁，西红柿部落都能将其化解成宇宙中最动人的美味传奇。而在某个遥远的星球，一颗普通的西红柿种子正在发芽，它的基因链上，镌刻着永不磨灭的希望之光。