到剑门，整治军务，加强训练，征召士兵，开展民兵训练，三个月后周国与梁国大举进攻武国，反倒夏国与蛮国没有动静。
方贤与武青鸾商议，一边撤离剑门县百姓，一边加强戒备，而圣命传来，征调武青鸾为飞凤军元帅，马上赴任。
武青鸾离开后，方贤遭遇两个化境宗师强者袭击，被他反杀一个，另一人重伤逃走，随后夏国与蛮国大军猛攻剑门关。
方贤借助剑门关地势与两国军队展开激烈的争夺战，并且在剑门关外进行着一场场大小规模不等的袭击战。
山寨援助赶来，帮助撤离百姓，将数万剑门县百姓全部引进山寨中去，而方贤据险而守，烧掉后退的栈道，坚持一个月后，系统奖励坚盾军阵。
方贤以此训练将士，在接下来的防守战中效果非常好，多次顽强地顶住了两国联军的攻势，并且局部反击灭了两国几支精锐军队。
方贤在射杀两国数十个大将，应对袭击数次，先后斩杀对方三个化境宗师，令对方胆寒，局势陷入僵局。
又坚守一月后，方贤得到系统奖励的利刃军阵，由此拥有了攻防皆备的军阵，但是他手下的将士只剩下三万余人。
蛮国换帅，由国主的弟弟、名将哈赤亲临指挥，然而三战皆败，哈赤不顾一切亲自上战场指挥作战，方贤突然以五百傀儡不先锋突袭敌人中军，以闪电般的速度斩杀哈赤并灭掉其亲卫三千，不过五百傀儡也自爆毁灭近半。
此后黑甲死卫出现在战场上，神出鬼没屡屡建功，在方贤的带领下再次斩杀夏国的统帅李东旭，成为战场上的死神。
三月之后，方贤获得系统奖励灭神弩，而他的修为也即将突破化境宗师了，以灭神弩的神威，可以直接秒杀化境宗师强者。
但这时，武国周边多个郡被周国、梁国攻占，夏现与蛮国也从其他道路攻入武国之内，唯有剑门关还有武国手里。
圣命传来，令方贤放弃剑门关退往武都，任命他为全国兵马大元帅，总督武国所有兵马，因为武国已经面临灭国之危。
然而圣命刚刚传来，方贤还没有准备撤离，另一个消息震惊世人，金吾军洪天志背叛武国，他斩杀了监军的九皇子，率领二十万金吾军投降了夏国，被封为镇武公，正挥军前往武都。
方贤立即决定撤离剑门关，带着剩下的近两万将士退往广元城。但一个消息传来，各国忌惮方贤，害怕他回武都担任大元帅，已经聚集了二十多名化境宗师强者前来杀他。
方贤立即让将士化整为零，全部撤往大巴山脉中的山寨，因为此时他已经成为这支军队心目中的神，对他令行禁止，所有将士都愿意为他而死。
在方贤遭遇不断的追杀过程中，他反杀了一个个化境宗师，最终引来了夏国的先天大宗师，但是却有百花渊桃花夫人殷素心前来救他。
然而，蛮国国师也同样出现，方贤给了桃花夫人续命丹和变形神甲，两人设计不惜重伤为代价，斩杀蛮国国师，重创夏国国师，但是两人也跌落青衣江生死不明。
方贤醒来时，距离大战已经过去半月，而他们是顺流而下，飘泊到了青衣江下游梁国境内。
此时，剑门关最后一战震惊世人，方贤与桃花夫人斩杀蛮国先天大宗师，重创夏国先天大宗师，但是却下落不明，令天下震动。
但是，武国的局势并没有缓解，四国大军攻入武国境内，虽然遭遇激烈抵抗，但是却稳步朝武都推进。
长公主率领飞凤军与周国大战数十场，最后带着数万残军逃入了太行山中。当四国大军兵临武都城下时，武国国师背叛，击杀了武青帝与诸位皇子，灭了武国皇氏，仅有长公主逃过一劫。
武国被灭，百姓流离失所，流民遍天下，而四国之间也因瓜分不均，爆发了更加混乱的战争，在巴山脉也受到影响，先后有多支军队攻打山寨，但是都被消灭。
而武国的大量残军，纷纷逃入各地大山中，在一批年轻将领的带领下，继续顽强地抵抗着各国的军队，时不时传来一些消息。
方贤醒来，发现自己全血经脉尽断，已经失去了修为。而桃花夫人殷素心比他先醒来，还保留着一流高手的修为身手，然而却失忆了，自以为是方贤的夫人，因此在方贤醒来的晚上主动与他双修，帮助他疗伤。
方贤动弹不得，只能任她施为，如此半月后他才恢复了行动能力，但是却不敢告诉殷素心两人的真正关系，同时双修确实有助于彼此疗伤。
而在方贤疗伤的同时，叶红袖、凤玲分别带着山寨人马潜入剑门县内搜寻方贤，并与各国派来搜寻方贤行踪的武林人士展开厮杀，朱十妹也从道宗下山而来，她已经突破化境宗师，并习得道宗的太清妙法。
在她们遇到各国武林人士围杀时，有一个老人突然现身救了她们，却是方贤之前所救的七叔，他在剑门大战前，被方贤送到了广元城去，此时恢复了所有记忆与实力，竟然是一个先天大宗师。
就在众女一筹莫展时，隼王突然返回，带来了方贤无事的消息，只不过方贤现在距离她们太远，让她们不要着急，回山寨等候消息，七叔与她们一同返回了山寨。
此时，山中基地已经收容百姓三十余万，外围多个山寨还有十余万陆续收容的百姓，而山寨的军队也达到十五万左右，正在进行着不断的训练，那近两万将士成为骨干，天天向士兵讲述方贤的神勇故事。
两个月后，方贤恢复，他的身体素质全面提升，修为也突破到化境宗师境界，而殷素心的修为则恢复了先天大宗师境界，但是她的头部受伤，记忆仍然没有恢复。
武都沦陷，武朝覆没，四国继续爆发乱战，天下苍生受苦受难。方贤带着一众红颜辗转江湖，凭借神医之名活人无数，收纳无数百姓到各地山寨。
四国均不顾武朝百姓死活，将中原当做肥肉争夺搜刮，致使中原民不聊生，方贤决定自立旗帜，联合武朝有志之士，自任大元帅。
方贤采用新式练兵方式训练精锐大军，采取自治方式联合各地义士，采取均田分地法收纳流民，在四国夹缝中一边生存一边壮大。
最终，武者大军练成，横扫四国精锐，逐步恢复原武朝地盘，并不断吞噬原四国领地。方贤击败天下三大巅峰强者，成为当世第一人，灭四国统一天下，方贤登基为大帝。
二十年后，方贤的孩子们挥军征战四海，统一大海远方诸国，建立大小公国，而他则将帝位传于他和长公主的儿子，带着一众红颜破碎虚空飞升而去。