佩恩袭击木叶那一卷。
其中集合了几点崩坏：
（1）战斗力崩坏
讲道理，你晓一个人能单挑一个村，还躲在背后偷偷摸摸抓什么人柱力。晓一个人都有接近一个忍村水平的战斗力，那么整个晓集合起来斩首五影中某一影根本不是事。能正面放核弹，本身也不叫忍者了，而是人形大面积杀伤性兵器了。佩恩以后，各种主角和次主角就开始义无反顾地往神的方向走，战斗力基本呈指数增长，其他人基本沦为假货了。
（2）剧情崩坏
长门（佩恩）三人组和木业三人组的双主线设定本来很有趣。长门三人组代表的是忍界黑暗的一面，而木业三人组代表的是忍界光明的一面。所以长门等人选择了用极其极端的手段来实现自己的理念。在这个过程中他们毫无疑问是付出了无数的血和泪的。但是结果是……长门被素不相识的主角活活说死了？？？？你tm逗我。
（3）设定崩坏
长门的出现，使得战斗力的排行基本混乱了。讲实话，如果长门能虐几十年战斗经验的自来也；那么他被刚修炼完成仙人力初出茅庐的男猪打败就是极其不合理的。另外既然长门已经成神，那么鼬又怎么能牵制长门等人这么久？一大堆无穷无尽的扯谈都是从这里出来的。
佩恩之战就是一个分界点。在这之前，火影基本还是一部忍者漫画；在这以后，火影就变成了一部奇幻作品，大家互相丢神器丢核弹坐高达；当然了，看着爽就行，其他的岸本高兴就好。
就是疾风传开始就整体质量下降了。很多人觉得迪达拉抓风影不合理，其实这是因为迪达拉后面的表现让这个不合理了。
我能接受晓组织人人都很强，一个人能对抗一个村我也能接受，但是不能接受，迪达拉轻松干翻了砂忍村，然后被卡卡西和鸣人追着打。
然后从迪达拉对蝎的态度上，我以为蝎很强的，结果被小樱和千代随便就整死了，你告诉我那小樱和前代加上卡卡西，是不是比整个砂忍还强了，那还打个P。
剧情上你可以让反派强，但是你不能让很强的反派随随便便就挂了，这才是根本原因。在疾风以前，五个村子还可以打的有来有回，下忍还是下忍，到了疾风传，木叶的忍者平均高别人N个档次。中忍吊打别人特别上忍，连小樱都比手鞠和那个玩具男强了，整个砂忍村！！整个！
除了我爱罗，千代以外都是垃圾！！！连帮忙都帮不上，救风影全靠木叶，从这开始火影就完蛋了。后期就更不用说了，五大忍村，除了木叶是北京，人才济济，别的村子简直就是农村十五六线种地的，一个村能打的不超过3个。
起初波之国任务篇堪称完美，再不斩和白的羁绊不知道看哭多少人，同时引出尾兽和写轮眼两大基本设定（我记得最初的设定白眼才是最强瞳术，但是后期对不起打斗完全用不着感知和经络洞察），打斗紧张激烈，主角四人组惨胜归来。归来后紧接着中忍考试，三忍大战，佐助黑化和佐助夺还战，一直到终结者谷鸣人一念之差瞄准了护额导致佐助一去不返，中间的打斗和剧情堪称完美。
李怒开五门贯彻自己的忍道
（这一场对火影的战斗设定很重要，从此李卸下负重的速度成为战斗标配）；
宁次对雏田，苦劝对手弃权无果，雏田反倒仗着宗家身份一顿嘲讽，宁次忍不住动了杀心，四名上忍吓得同时出手制止（漫画版红的动作看起来差点没来得及）；
鹿丸两场单挑展现出的天才战斗智慧；
火影之战眼花缭乱的忍术，三代用生命驱动的封印术（三忍葬礼上的旁白对火影的主旨进行了很好的总结和升华）；
鼬神出场的压倒性实力，站着不动一眼瞪残卡卡西；
三忍大战的恢宏与霸气；
音忍五战一场燃过一场（手鞠和勘九郎出场直接秒杀状态二音忍二人有点崩以外，尤其手鞠，尼玛区区下忍一扇子出去效果跟佩恩核弹似的）
终结谷之战动画版佐助一句“你生下来就没有父母，能懂我失去父母是什么感受吗？”的质问，配合动画版第一部完美的bgm，让人无比同情这个走上邪路的男二，话说主角嘴遁不知道说死说降多少人，就是说不动二柱子。。。。
疾风传打迪达拉蝎角度飞段也都很精彩，真正崩坏的开始应该是鸣人跟随八尾去一个什么结界里修行控制尾兽归来，除了鼬长门等超级天才和初代这种远古战神的设定以外，从此跟尾兽不挨着的人集体边缘化，代表人物就是被斑秒杀的五影与战斗智慧着称的鹿丸父子和卡卡西
除此之外就是另一基本设定写轮眼的崩坏，最初写轮眼只有复制结印和预测行动的能力，能眼对眼释放幻术也还在情理之中（斑集齐尾兽为了什么？为了释放一个全球级幻术，所以幻忍体最强的还是幻术:）），尼玛天照是什么鬼？眼睛里冒火？还不是眼睛喷火，是视野里想哪着火哪就着火！还是不灭黑炎！！！得写轮眼自行取消或者封印术才能解那种！！！这也还忍了，毕竟我大鼬神先用出来的，虽然释放逻辑不明但是看着真尼玛狂拽酷炫叼啊。。。但是然后呢？眼睛里还能变出高达？？？高达还能浑身带着天照？？？？？这是眼睛吗？奥特曼变身还要和变身棒之类的东西呢，龙珠里也没见过万能胶囊里变出什么高科技东西秒杀弗利沙的啊！！！！最扯淡的就是团藏和止水了，尼玛眼睛还能带着忍术移植？？？还能放一只乌鸦上自己催动幻术？？？？这是眼睛吗？这是优盘啊，即插即用啊，大蛇丸还让佐助研究忍术和咒印干嘛？让佐助多生孩子生产眼睛啊！！！！！！
到了后期写轮眼更是成了凌驾于尾兽的存在，进化成轮回眼（数码宝贝？）之后简直无所不能，没眼睛的除了主角自带外挂其他全部拜拜，这还打个屁啊，谁有眼睛谁牛逼啊3
火影不是质量下降了，而是表达核心发生了变化
初期是一个小格局，高趣味性的设定大乱斗顺带着讲讲世事悲苦
但是以火影的线路，如果少年跳不让他停，这个核心的指向是必然会变化的
首先第一：我们都知道热血漫画的套路，就是，“战斗力膨胀”不是本质而是表象，其本质是主角所要面对的反派需要符合主角的成长曲线，那么战斗力膨胀是必然的，另外，不但是漫画是这个套路，人生本身也是，朱元璋做了皇帝，或许会因为前因稍微不那么歧视乞丐，但是不代表他还会以乞丐的实力为出发点去面对他的敌人，一个人的段位不同，敌人自然是不同的。所以说这个设定既是成长曲线的需要，又是人之常情
第二：因为火影一开始就投射着政治乱局下历史进程背后个人命运的悲剧，再不斩和白从一开始就不仅仅是“作为前期的设定大乱斗的简单敌人”而存在的。人的命运当然要看个人奋斗，但是历史进程是这样，随着鸣人段位的成长，他必然要接触到那些岸本在最初只是作为背景设定的东西，希特勒走到最后就是要当元首，如果他当了艺术家，那就不是成长漫画，那是治愈漫画
这两点原因导致了火影拖下去，主题必然深入，因为作者从一开始就投射着这样的情怀，和路飞洋了二正去当海贼王所以一直可以江湖豪杰快意恩仇不一样，鸣人必然是要救世的。
而我也不认为火影后期质量下降了
还是那话，表达核心不一样了
和前后期核心表达所匹配的，是火影前后期战力表达的区别
前期是斗技，纯粹的斗智斗勇斗设定中的细节的妙处很多，这个看起来确实爽
但后期随着主题的形而上化，战斗本身也变得形而上了，伊邪那岐和伊邪那美就和月读，哪怕是地上最强战力的忍术——地爆天星，不是一个表达层次，而是上升到了meta的高度。甚至岸本就在这里也不仅仅是在秀元叙事而是巧妙地用情节活化了这两个“元忍术”的用法——伊邪那美本来逻辑上，设定上都是用来克制伊邪那岐的，一般的套路中这样的术恰恰就是来平衡很多人所诟病的“战力爆炸”用的
但火影里偏偏就不这么用，我觉得至少这仍然是一个非常有“趣味性”的点。并不比前期的斗技小心思差。
还有一个和其他漫画洗白的方式不同的是，岸本写到哪，都会把这个人当主角来关照，你比如说剑心吧，斋藤和志志雄的关照也不能说不深入，但是人气最高的是宗次郎，岸本最为细（拖）腻（稿）的地方就是他愿意给每个重要角色都当主角的机会，兜的成长、长门的成长，斑和泉奈的故事，都很丰满且独立性很强，甚至很多龙套大哥，至少也会以他们的视角关照一下
呃，这说到底当然仍然是少年跳不让完结以至于花样凑稿费的结果。。。。。
置顶的答案质量很高了，分析的也很到位，我就来说一说我主观的看法。先说好了是主观，可能会有点过激的地方，不喜勿喷。我个人觉得开始看不下去的地方是药师兜召唤秽土大军的时候。说实话，我对于实力没什么概念，我也不介意岸本把晓的成员一个弄得比一个吊，只要战斗看起来有趣，或者最后胜负分晓具有说服力，我也觉得是精彩的。岸本在对于秽土转生这个禁术的运用上真的是太不节制，不是随随便便弄一个生前据说很屌的人召唤出来然后随随便便跟后生们玩闹一下就可以对得起观众的，这样草率的战斗并不能反映后生们奋斗成长的过程，而只会让人们觉得岸本最开始的设定简直是被狗吃了。岸本开启了秽土转生的战争，却也让自己的故事性走到了尽头。厉害的人都被整死了，怎么办，不要紧，复活来凑，你想看什么远古神兽，我就能给你复活出来，四代目更是死了都不让好好安息。看到那些生前名声赫赫的大人物们，带着不死之身被一群无名之辈无情的玩弄，我顿时觉得设定什么的都去吃屎吧。虽说我觉得火影真正部分在佩恩死去以后就已经结束了，但我还是坚持看到了六百多级，火影给我的感觉是放弃了故事性而一味的迎合粉丝对大场面的需求，导致后期战力失控，战斗看起来宏大但并不精彩。这也是很多民工漫普遍具有的现象，毕竟连载动漫，一定会编到作者编不下去的那一天。最后罗列一些火影存在的一些缺点:1.节奏问题，火影创造性的运用在回忆当中插播主线的方法逼死了一大批看视频从不快进的观众；2.剧情烂尾，给我的感觉是岸本觉得自己编不下去了，就放最终boss出来了；3.强行正能量，漫无边际的嘴遁并没有让剧情的立意有什么升格。
作者：无聊上瘾者
来源：知乎
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第一次接触火影是在小学，当时的感觉“神秘，炫酷，帅炸”，那时候全班就只有一本合订本，内容从开篇到中忍考试，我想那一部分是我觉得最出色的部分了，说来惭愧，再后来是上初中前，偶然在报停看到了火影，拿出巨款（我记得不到10块）买下来，才知道有疾风传（鸣人归来）那时候这本漫画简直陪伴我睡觉吃饭上厕所哈哈。。。一直跑题言归正传，我觉得逻辑什么的在剧情更加偏向查克拉量，特殊能力时候已经开始出现混乱的苗头了，已经不像忍者更像是超能力，对波的感觉了，反之早期的再不斩战斗，中忍考试等等，更有忍者的风格和神秘感。但是就是这样一个缺乏逻辑的作品，我依旧喜欢了十几年，归其原因有两个：第一是孩童时代，尤其玄幻巅峰是葫芦娃奥特曼的孩童时代接触到的作品，对自己的影响很大（同理的还有龙珠，神奇宝贝，数码宝贝）。比如深受大家喜爱的海贼，大学前的假期才看，却怎么也看不下去了，一个集数太多，再一个已经没有那时候的感觉了。（海粉见谅）第二是这么多年，情怀感动已经足以让我忽略了逻辑的问题，正如同火影伴我们长大一样，我们也是看着鸣人从那样菜变成那样酷，他不放弃的样子确实感动了我，例如鸣人成为木叶英雄那集我哭了。综上，火影也许从疾风传开始已经慢慢的不像是火影忍者了，也确确实实的有着很多问题，可是我还是很喜欢他，也许我们要的，就是等我们白发苍苍的时候，突然听到'这就是我的忍道“那种突然的回忆的酸涩吧。。。
从高一才开始看的火影，那是10年，和从90年代开始连载便追番的人相比，我可能没有太多的话语权，但它却是我的入宅作。以前的我只会期待周五的到来，可迷上火影后我开始期待周三与周四，从乐呵呵的孩子变成了一个多愁善感的人。说这么多只想表达我对这部动漫的喜爱，所以很想发表下自己的看法。
在我看来火影迷应该有这么几类人：剧情党、推理党、热血党。
比如小南和面具男对战，
剧情党：唉，小南就这么死了，好可惜。
推理党：面具男为什么会用伊邪纳岐，他是谁？
热血党：战斗画面好炫酷！
不同的人在火影中找到了各自喜欢的东西，所以这也算是这部动漫受众比较广泛的原因吧。
回到题主剧情的问题，其实从晓组织的出现开始(也就是疾风传)火影进入了另一个篇章，就好比是去掉了新手保护进入了世界服务器。而随着人物的增多、世界观的扩大，在细节的刻画上也显然会出现颓势，毕竟岸本也是人，不可能面面俱到。
其实在看到这个问题时，我认真回想了一下火影这部动漫所带给我的东西，以及它的剧情，丝毫没有什么下滑之说。但我写到这里却发现，问题应该是出现在随着剧情的发展以及需要，必须扩大世界观而带来的作者必须放弃某些方面的刻画。因为我属于推理党，所以从刚开始岸本交代的阴阳查克拉，到三大瞳术，再到千手、宇智波、六道仙人，最后到辉夜姬，这一切的逻辑思路让我没有感觉出任何问题。题主应该属于剧情党，而后期岸本的主要刻画已经在所谓的填逻辑坑上了(推理党一本满足)，对于剧情来说可能看起来就很是天马行空，什么无限月读、斑成为六道仙人、阴阳忍术、异空间、忍者之母等等。
说到底我感觉这部动漫还是挺成功的，不同时期选择了不同的侧重点，因为最初追番的人已经不再是孩童了，他们所需要的不是华丽的打斗、爱情的独白，而是对于人生观世界观的认知，需要的是明白更多的人生哲理，对民族国家的认同感等等，所以岸本适当的加入了佐助的这条曲折的成长线，通过鼬、柱间的诉说，以及他自己的选择，潜移默化的灌输给观众正确的观念。这也算是当年最初那批追番党不会弃番的原因吧，而却苦了现在的补番党。所以火影看起来前后部分的情节会有比较大的差异。
所以，如果想了解这部动漫的精髓，我很推荐去看漫画，因为动画很难表现出一些人物剧情的细节，而突出于画面的精彩吸引眼球。
恩，就这么多了。