这时候，贝伦和露西安得到了消息，贝伦组织了他的旧部，以及很多支持他的绿精灵，他们在萨恩渡口伏击了从多亚瑞斯返回的矮人，矮人被彻底击溃，几乎没有人能活着回到家乡。精灵宝钻又回到了露西安手中。随后，贝伦和露西安的儿子迪欧，作为多亚瑞斯精灵首领的继承人，回到多亚瑞斯。有一天，一位绿精灵使者带给迪欧一个箱子，打开来是镶着精灵宝钻的项链，于是迪欧知道他的父母贝伦和露西安已经不在人世了。
不久，梅斯罗斯等费诺的儿子们得到消息，按照费诺和他们的誓言，他们又要来夺回属于他们的精灵宝钻。一场血战之后，多亚瑞斯毁于一旦，凯勒巩和库路芬与迪欧都死于这次精灵内乱，迪欧的妻子和两个儿子也被杀害。但是梅斯罗斯他们没有找到精灵宝钻，因为混乱中忠于迪欧的部属已经保护着迪欧的女儿爱尔温和精灵宝钻一起逃出了多亚瑞斯。
跟胡林一起并肩战斗在无数的眼泪之战的胡尔，最后为了掩护特刚而牺牲。他有一个儿子叫做图尔，图尔被海神选中作为海神的使者，去给贡多林的特刚传递警报。图尔历经艰难来到贡多林，见到了特刚，告诉他贡多林也已经不再安，当务之急是要向西方海岸撤退。特刚犹豫不决，不愿意放弃贡多林，也不认为魔苟斯能够发现贡多林。特刚的外甥梅格林心怀鬼胎，在一旁煽风点火，让特刚留在贡多林。于是特刚放弃了向西撤退的计划，继续驻守贡多林。
图尔就留在了特刚身边，很快图尔就跟特刚的女儿凯勒布琳朵相恋了。这一切被梅格林看在眼里，恨在心里。但是特刚记得无数的眼泪之战图尔的父亲胡尔对自己的恩德，所以非常喜爱图尔，支持女儿嫁给他。于是，图尔和凯勒布琳朵在贡多林完婚，这是第二对精灵和人类的结合，他们生下了一个儿子埃兰迪尔——改变了中土历史的半精灵。
虽然贡多林看上去固若金汤，但是凯勒布琳朵还是有隐隐的不安，她暗中派人准备了秘密通道，作为危急关头应急之用。因为大家并不知道当初胡林已经暴露给了魔苟斯贡多林的大体位置，所以并没有意识到魔苟斯已经把周围严密监控了。结果，梅格林偷偷出城采矿，被半兽人俘虏，魔苟斯允诺梅格林城破之后让他成为贡多林的主人，并且允诺把凯勒布琳朵嫁给他。梅格林就这样回到贡多林，其实已经成了魔苟斯的内奸，而魔苟斯也就得知了贡多林的所有秘密。
在埃兰迪尔七岁的时候，魔苟斯准备停当，终于展开了对贡多林的进攻。炎魔、火龙、恶狼、半兽人，铺天盖地的魔苟斯大军攻破了贡多林。特刚死于倒塌的高塔之中。精灵大将艾克希里昂与炎魔首领勾斯魔格双双战死。梅格林去抢凯勒布琳朵，结果被图尔杀死。随后图尔和凯勒布琳朵带领贡多林百姓从凯勒布琳朵事先准备的秘道逃离。在他们逃离之后，遇到了炎魔的围追堵截，紧要关头贡多林的精灵大将葛罗芬戴尔挺身而出，与炎魔同归于尽。
就这样，残余的贡多林和多亚瑞斯的精灵和人类聚集在西瑞安河口，合兵一处，包括持有精灵宝钻的爱尔温、图尔和凯勒布琳朵以及他们的儿子埃兰迪尔。瑟丹也派人来帮助他们重建家园。因为特刚已经遇难，之前寄养在瑟丹这里的欧洛隹斯的儿子吉尔加拉德继位成为第六位诺多精灵王。当时吉尔加拉德是为数不多的在世的中土诺多王族之一，虽然凯兰崔尔按辈份是他的奶奶，但是凯兰崔尔是女性，所以没有继承王位。
后来，图尔和凯勒布琳朵乘船出海，驶向西方，从此不知所踪。传说图尔此后被赐予了精灵的身份，生活在维林诺。此后，埃兰迪尔成为了西瑞安河口的领袖，并且与爱尔温成婚。埃兰迪尔和爱尔温生了一对孪生兄弟：爱隆和爱洛斯。后来，埃兰迪尔出海远航，希望能找到传说中的维林诺，或者找到远行的图尔和凯勒布琳朵。这时候，阴魂不散的梅斯罗斯兄弟们再次袭来，抢夺精灵宝钻，瑟丹和吉尔加拉德来迟了一步，爱隆和爱洛斯被梅斯罗斯俘虏，爱尔温带着精灵宝钻投海消失。
海神将投海的爱尔温救起，放到了埃兰迪尔的船上，借着精灵宝钻的力量，爱尔温和埃兰迪尔一路向西，终于到达了之前从未有人来过的维林诺海岸。诸神召见了这位第一个到达维林诺的人类。埃兰迪尔为他的父母两个亲族请愿，希望诸神原谅诺多精灵的罪过，希望诸神能够帮助精灵和人类。诸神答应了他的恳请，同时，诸神还赐予了爱尔温和埃兰迪尔以及他们的后代自由选择精灵或者人类身份的权利。埃兰迪尔和爱尔温都成为了精灵，留在了维林诺。
诸神的大军鲜衣怒马，整装齐备，随军出征的还有维林诺的凡雅精灵和诺多精灵，维林诺的帕勒瑞精灵为大军准备船只，这就是中土世界的第二次诸神之战，史称最后之战，或者愤怒之战。伊甸人也参与了这次圣战，为死于魔苟斯之手的历代人类英雄报仇。魔苟斯的炎魔大军土崩瓦解，只有极少数躲过一死，藏匿在地底最深处，比如魔戒电影里在莫瑞亚攻击护戒小队的那只炎魔。而魔苟斯麾下的恶龙也被埃兰迪尔和索隆多统率的巨鹰击败，最强大的恶龙安卡拉刚更是被埃兰迪尔手刃。
魔苟斯在安格班的地底被生擒，他的铁王冠被诸神打成了铁项圈，剩下的两枚精灵宝钻也被诸神取走。此时梅斯罗斯兄弟又来要求取回属于他们的精灵宝钻，遭到拒绝之后他们铤而走险，偷袭了诸神的军营。诸神不愿伤害费诺的儿子们，于是听任梅斯罗斯和梅格洛尔——费诺仅存的两个儿子——取走了这两枚精灵宝钻。但是宝石灼烧他们的手，也灼烧他们的灵魂，最后梅斯罗斯带着他的精灵宝钻跳入了大地裂缝的熊熊烈火，而梅格洛尔把他的精灵宝钻扔进了大海。至此，爱尔温的那一枚被诸神放置在高天之上，而剩下这两枚一个在深海，一个在地底。
魔苟斯被诸神彻底放逐，困在永恒的虚无之中。而精灵也获得了诸神的原谅，可以重新去往维林诺。大量的精灵陆陆续续去了维林诺，但也有一部分精灵选择了继续留在中土，包括瑟丹、凯勒鹏和凯兰崔尔夫妇、吉尔加拉德、爱隆、欧瑞费尔。